ac4C RNA乙酰化研究

ac4C简介

      ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰（N4-acetylcytidine）。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，导致Watson-Crick碱基热稳定性增加，调控蛋白合成中的编码准确性；近期研究发现ac4C分布在人类转录组中，大多数位点出现在编码序列（CDS）内，并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前，ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰，是继ac4C修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股” 

ac4C修饰酶

ac4C乙酰化修饰最早在rRNA及tRNA中报道，该修饰受NAT10单酶系统调控，该酶同时具有乙酰化催化功能及RNA结合活性；目前关于ac4C的其他催化酶及特异性RBP尚未有报道。

ac4C研究技术路线

ac4C研究相关技术

A、acRIP-seq

RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)基于抗体特异性结合乙酰化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域，高效获得结果。

B、Dot bolt

      斑点杂交是指将DNA或RNA样品直接点在硝酸纤维素滤膜上,然后与核酸探针分子杂交，以显示样品中是否存在特异的DNA或RNA。同一种样品经不同倍数的稀释,还可以得到半定量的结果。所以它是一种简便、快速、经济的分析DNA或RNA的方法,在基因分析和基因诊断中经常用到,是研究基因表达的有力工具。

      液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物，并能够对物质进行精确的定量。LC-MS/MS 法是目前所有核酸各类修饰水平分析方法中能够对含量极低的修饰碱基进行准确定性定量的方法

C、actinomycin D assay

放线菌素D（Actinomycin D）可在数分钟内被细胞吸收，并优先嵌入到富含GC的DNA序列中，形成稳定的复合物，抑制所有真核RNA聚合酶的转录进程。利用放线菌素D处理不同时间长度后，检测目标RNA（如mRNA、lncRNA）的分子水平，推算目标RNA的半衰期，评估其稳定性。

D、puromycin assay

嘌呤霉素是一种氨基核苷酸抗生素，是蛋白合成抑制剂，可通过核糖体中的过早链终止来阻止翻译。抗嘌呤霉素抗体，可检测掺入到蛋白质中的嘌呤霉素。这使其可与标准免疫化学方法一起使用来检测翻译效率。